町外れのスタンド
チャート
- 建物の中にいる人に話し掛ける
- 外に出ると、ライダー「ウイリー」戦
- 「フェナスシティ」へ
フェナスシティ
チャート
- 入ってすぐ、怪しい男「ヘボイ」戦
- 「ヘボイ」戦終了後、紐をほどいてミレイを助ける
- ミレイが仲間になる
- 市長の家に行く
- 市長「バックレー」と話す
- スタジアムに行く
- スタジアムに入って一旦出ると、スナッチ団「ヤッチーノ」戦
- モンスターボールを買いたいのでショップに行く
- 売っていない
- 「町外れのスタンド」へ
町外れのスタンド
チャート
- 店のマスターからモンスターボールを5個もらう
- モンスターボールが買えるようになる
- 「フェナスシティ」にもどる
フェナスシティ
チャート
- 市長の家に行く
- ミラーボ手下「ヘボイ」戦
- 「ヘボイ」戦終了後にすぐ、ミラーボ手下「トロイ」戦（マクノシタLv30スナッチ可能）
- 街を出ようとすると、すべての出口が戦闘員によってふさがれているので、誰か一人と戦う（ベイリーフ、マグマラシ、アリゲイツの各一匹がスナッチ可能（Lvはどれも30Lv）、スナッチできなかった2匹はエンディング後スナッチができる）
工事現場
チャート
- 話しかけて、一旦出る
- 「パイラタウン」へ行けるようになる
パイラタウン
チャート
- いろいろ話し掛けて戦う（ムウマ、ヨルノズク、モココ、ポポッコ、ヌオー、マグマッグ（各Lv30）、オオタチLv33スナッチ可能）
- ギンザル家の隠し（？）部屋に入る（本棚の後ろのスイッチ）
- コロシアムに行って話しかける
- 出口付近の、ゴロツキ「マサ」戦
- 風車が回っている家へ行く
- 入ったら、「シルバ」が盗んだ歯車を取ってきてと頼まれる
工事現場
チャート
- 奥のほうにある歯車を入手
パイラタウン
チャート
- 風車の家に行って歯車を抜けている所にはめる
- ギンザルからお礼
- コロシアムに出場して4連勝
- 優勝して外に出る
- ミラーボに呼ばれる
- ミラーボビルに入れるようになる（風車の家の右）
- シャドー戦闘員「ワイルド」戦（ヤンヤンマLv33スナッチ可能）
- ギンザル達が来る
- プラスルを助けてきてほしいと言われる
- いろいろ戦い、ミラーボビル最上階へ行く
- ミラーボ手下「ブレス」戦（テッポウオLv20スナッチ可能）、ミラーボ手下「スーラ」戦（マンタインLv33スナッチ可能）
- シルバを助ける
- （ハンター「タンカ」戦でハリーセンLv33スナッチ可能）
- 右にある洞窟に入れるようになる
- いろいろ戦う（アサナン、ノコッチ、チルット（各Lv33）スナッチ可能）
- 洞窟のミラーボのいる所に行く
- シャドー幹部「ミラーボ」戦（ウソッキーLv35スナッチ可能）
- ミラーボ戦後、すぐ奥の部屋から「プラスル」を助ける
- ギンザル達が来る
- ギンザル家に自動的に移動
- ギンザルから「プラスル」がもらえる
- ギンザルに「P★DA」の番号を教える
- パイラの占い師の「ビーディ」に話しかける
- 「アゲトビレッジ」に行けるようになる
- 「アゲトビレッジ」へ
アゲトビレッジ
チャート
- ミレイのおじいさん、おばあさんが住んでる家へ行く
- 泥棒みたいなものが来る（聖なる森に逃げて行った）
- おじいさんが慌てて聖なる森へ
- 聖なる森へ行く
- いろいろ戦う
- 奥へ行くと「コワップ」とおじいさんが戦うが、おじいさんが負ける
- シャドー戦闘員「コワップ」戦（カポエラーLv38スナッチ可能）
- おじいさん、おばあさんの家に戻って話す
- おばあさんが石版を探す
- ショップ手前のビルボー家に行ってビルボーからセレビィについての話を聞く
- おじいさん、おばあさんの家に戻ると「小さな石版」を入手
- ギンザルからメールが来てバトル山へ
バトル山
チャート
- 中に入って連続で戦う
- シャドー幹部「ダキム」戦（エンテイLv40スナッチ可能）
- ダキム戦後、落ちている「F-ディスク」入手
- セネティから「時の笛」を入手
アゲトビレッジ
チャート
- おじいさん・おばあさんの家で話す（聖なる森でダークポケモンのリライブができるようになる）
- 「謎の研究所」へ
なぞの研究所
チャート
- ギンザルからメールが届く
- 「パイラタウン」へ
パイラタウン
チャート
- ギンザル家へ行く
- ヘッジ署長に協力して欲しいとのこと
- 警察署へ行く
- ヘッジ署長と話をして、「P★DA」の番号を教える
- 警察署の下の方で「ろうやのかぎ」を入手
- ブレスがいる牢屋のカギをあけて、ブレスの腰についている「エレベーターキー」を入手
- ミラーボビルのエレベーターに乗る
- 「アンダー」へ
アンダー
チャート
- いろいろ話し掛けたり戦ったりする
- F-ディスクでUFOを前に動かす
- コロシアムに入って一旦でる
- 「ヤドヤ」の2階を通って行ける建物に入る
- 「ザック」に話しかけるとスレッドに「きょうかパーツ」を渡してと言われ、預かる
- スレッド（アンテナがまわっている家）の家に入って「きょうかパーツ」を渡す
- 出ようとすると、シホから「P★DA」の番号を教えて欲しいと言われて、番号を教える
- スパイが見つかる
- エレベータの近くに行く
- 戦闘員「コルガ」戦（レディアンLv40スナッチ可能）、続けて戦闘員「イガロ」戦
- シルバに話し掛け「R-ディスク」を入手
- R-ディスクでUFOを右に動かす
- テレビ局に入り、ヴィーナスに話しかける
- シャドー幹部「ヴィーナス」戦（スイクンLv40スナッチ可能）
- ヴィーナスが逃げていくので追いかける
- 戦闘員たちとたたかい「STATION」の中へ
- 電車の中に入り、出るとさらに逃げる
- 「STATION」の看板の前に光っている「ちかてつのかぎ」を入手
- 「ちかてつのかぎ」を使って電車にのり、動かす
- 外に出て人に話し掛け、建物に入ろうとすると、建物の中が爆発されいけなくなる
- 建物に入って、光っている「メインゲートキー」入手
- アンダーに一度戻って「ダークポケモン研究所」へ行く（「謎の研究所があったところ）
ダークポケモン研究所
チャート
- メインゲートキーでゲートを開ける
- 正面は入れないので右の方の建物に入る
- 右の機械のスイッチを押す
- 一旦出て、正面の建物に入る
- 奥にいる研究員に勝ち、「カードキー」入手
- 一旦出て、右側の建物に再び入る
- いろいろ戦いすこし進んだ所にある「ちかつうろのカギ」入手
- 地下通路へいき、進んで「DNAサンプル」×3入手
- 解析をするマシンで3つの「DNAサンプル」を解析する（3匹のポケモンが解析される）
- 警報を鳴らされ研究所から出られなくなる
- 進んで、パズルのような扉で3匹の解析したポケモンを選択する
- 扉があくので、奥に進む
- シャドー幹部「ボルグ」戦「ライコウLv40スナッチ可能）
- 机の上の「データロム」入手
- 研究所からでる
- スレッドからメールが来る
- 「アンダー」へ行く
アンダー
チャート
- スレッドの家へ行く
- スレッドに「データロム」を渡す
ラルガタワー
チャート
- いままで「工事現場」だったところが「ラルガタワー」になっている
- 中に入る
- 左の通路へいくと、シャドー幹部「ミラーボ」戦
- 勝つと「IDバッチ赤」を入手
- 右の通路へいくと、シャドー幹部「ダキム」戦
- 勝つと「IDバッチ緑」を入手
- 前の通路へいって奥に進む
- シャドー幹部「ボルグ」戦
- 勝つと「IDバッチ黄色」を入手
- しばらく進むと、シャドー幹部「ヴィーナス」戦
- 勝つと「IDバッチ青」を入手
- ローガンから文章が途切れているメールがくる
- アゲトビレッジのローガンの家へ（省略可能）
- ローガンに話すと「マスターボール」入手
- ラルガタワーの前の扉から少し進んだところの扉の壁のくぼみに、すべてのIDバッチを入れる
- 扉が開くので先に進む
- スレッドからメールが来る
- コロシアムでいろいろ戦い、真ん中のエレベーターの前にいるシルバに話し掛ける
- エレベータに乗る
- ジャキラと話して後を追う
- 階段を上がるとスナッチ団「ヘルゴンザ」戦
- 最上階へ行くと戦闘員達4人とバトル
- シャドーボス「ジャキラ」戦（メタグロスLv50スナッチ可能）
- 市長に化けている、シャドー「ワルダック」戦（バンギラスLv55スナッチ可能）
- 主人公の仲間たちが来て、ホウオウが祝福してくれる
- エンディングされる