スタッフロールのあと
チャート
- フタバタウンの自宅からスタートするので、1階へ。
- （母親に「キッサキシティから船に乗れ」というライバルからの伝言を聞くので）キッサキシティへ。
- 【キッサキシティ】街の左下のところに船があるので、人に話しかけバトルゾーンへ。
バトルゾーン
チャート
- ライバルと会話し、街の右上にあるバトルパークへ。
- バトルパークの受付でポイントカード入手。
- 【バトルパーク】奥へ進み、バトルタワーへ。
- 【バトルタワー】ポケモンマスターへの腕を磨こう。
- いろいろな所を回り、ポケモン図鑑の『見つけた数』を完成させて、ナナカマド博士のところへ行くと、ぜんこくずかん になり、GBAのポケモンが連れてこれるマサゴタウンの下の先にあるパルパーク（→パルパークについては発売前情報のこちらで解説）や、バトルゾーンの通れないところが通れるようになり、すべて行けるようになる。
- 【完成させるために行く必要がある場所】ミオシティから船に乗り、こうてつじま へ行き、途中でゲンと一緒に進み、最後まで行くと リオル（ルカリオの進化前のポケモン）のタマゴを入手。（追記：クロガネゲートにいるベテラントレーナーと対戦することで見つけることができるようです。）
- シンジこ（エムリット。話しかけると飛びさり、博士が来る。その後シンオウ地方を逃げ回る。コトブキシティのポケッチカンパニーでマーキングアップを入手すれば場所が分かる）、リッシこ（アグノム Lv.50）、エイチこ（ユクシー Lv.50）で伝説のポケモンを見つけられる。
- ズイタウンの奥にあるズイいせきでアンノーンと遭遇。
- カンナギタウンの長老の家（上の方）に入れば、ダイヤモンドならパルキア、パールならディアルガの写真を見ることができる。
バトルゾーン
チャート
- 街の左上に進み、すごいつりざお入手。
- 街の右に進み、230番水道、229番道路を右へ。（なみのり必要）リゾートエリアへ。
- 【リゾートエリア】街から上に進み228番道路へ。
- 左上方面に進み226番水道へ。
- ここではなみのりは使わず、すぐ上に進み、227番道路を上へ。（岩はマッハ自転車で飛び越えよう）
- 途中でライバル達がいるので会話し、上に進み、ハードマウンテンへ。
- 【ハードマウンテン】洞窟の中に入り、奥に進む。（いわくだき、かいりき必要）
- 途中でバクと一緒に行動となり、さらに奥へ。
- 出口まで進み、バクと別れ、外に出る。そらをとぶ等でファイトエリアに戻る。
- 【ファイトエリア】バトルタワーの方へ行くと、ライバルがいるので対戦。
（使用ポケモン：ムクホーク Lv.58、選択ポケモンの最終進化系 Lv.64、ヘラクロス Lv.60、カビゴン Lv.60、フローゼル Lv.59、ギャロップ Lv.59）
このあとのこと
このあとは、伝説のポケモンを捕まえたりしながら全国図鑑を埋めたりして、最強のトレーナーを目指しましょう。
ヒードラン ゲット
- バトルゾーンのファイトエリアを上に進み、225番道路を経由してサバイバルエリアへ。（いあいぎり等必要）
- 【サバイバルエリア】ポケモンセンターの左に民家に入り、バクと会話。
- バクが出て行くので、主人公もハードマウンテンへ。（行く方法は上記参照。またはサバイバルエリアを右へ進む。[なみのり、ロッククライム必要]）
- 【ハードマウンテン】中に入り、奥に進む。（いわくだき、かいりき必要）
- 最深部で伝説のポケモン『ヒードラン Lv.70』に遭遇。（レポート忘れずに）
ギラティナ ゲット
- ノモセシティから右上に向かって、リッシこのほとりを経由し、214番道路へ。
- 214番道路の途中で右に行けるようになっているところがあるので、かくれいずみへのみちへ。
- 進み、おくりのいずみへ。
- 奥に進み、もどりのどうくつへ。（ロッククライム必要）
- 洞窟の中に入り、ひたすら奥へ奥へと進んで行き、3つ目の柱が現れてからさらに進む。
- すると、伝説のポケモン『ギラティナ Lv.70』に遭遇。（レポート忘れずに）
- 脱出するとき、あなぬけのヒモが使えないので、戻らずに先に進み出るようにしよう。
ロトム ゲット
- 時間が夜か確認し、ハクタイシティから205番道路を経由し、ハクタイのもりへ。
- 【ハクタイのもり】すぐ左に いあいぎりを使って入れるところがあるので入る。（ナタネがいる）
- 【もりのようかん】階段を上り、一番奥の扉へ。左から2番目の扉へ。
- テレビに向かってAボタンを押すと、伝説のポケモン『ロトム Lv.15』に遭遇。（レポート忘れずに）
レジギガス ゲット
- あらかじめルビー・サファイア・エメラルドからレジ系3匹を移動し、パルパークで捕まえておく。
- キッサキシティの上にあるキッサキしんでんへ。
- 【キッサキしんでん】最深部で伝説のポケモン『レジギガス』に遭遇。（レポート忘れずに）
クレセリア ゲット
- ミオシティの左下にある船着場の左隣の民家に入り、寝ている子の母親に話しかける。
- 家から出て、船着場の人に話しかけ、まんげつじま へ。（悪夢を解消するには みかづきのはね が必要とのこと）
- 【まんげつじま】奥に進むと、クレセリアが逃げて行く。クレセリアはこの後、シンオウ地方を逃げ回る。
（コトブキシティのポケッチカンパニーで手に入れたマーキングアップで逃げている場所が分かる） - 飛び去った後、みかづきのはね を落としていってるので入手。
- 再び船に乗り、ミオシティに戻り、先ほどの民家に入り、寝ている男の子に話しかけると、元気になる。
アンノーン
まず、ズリの遺蹟でＡ～Ｚまでの２６匹のアンノーンを全部捕獲します。 次に２１４番道路の遺蹟マニアがいるマニアトンネルに入ります。すると出口とつながっているので先に進みます。するとズリの遺蹟の隠し部屋にたどりつきます。その隠し部屋には最後の２匹の！と？のアンノーンが野性で出てきます。